Historie mlýnu sahá až do 19 století. 

V době těžby zlata a stříbra v nedalekých dolech se jednalo o jednu z významných staveb. Po konci války došlo ke znárodnění a  převzetí objektu místním JZD. Ten objekt využíval 30 let. Objekt  v průběhu let výrazně zchátral.

Po vrácení objektu majiteli panu Palusovi došlo v roce 2003 k prodeji Jaroslavovi Liškovi.

Následně prošel kompletní, avšak citlivou rekonstrukcí. Byla zachována původní část mlýna, kde byla ve dvou patrech umístěna mlýnice. K původnímu objektu byla přistavena restaurace. Stodola "na seno" byla  z důvodu technického stavu zbourána a vystavěna znova. Oba objekty se propojili technickým zázemím a restaurací. Okolní terén byl částečně upraven a doladěn k podtržení celkového dojmu starého mlýna.

Objekt  byl na konci roku 2007 kolaudován na penzion s restaurací. Nakonec dostal své nynější jméno podle současného majitele - Liškův Mlýn.

Penzion se nachází 3,5 km od Orlické přehrady na okraji obce Milešov. V okolí je mnoho turisticky zajímavých míst, stejně tak krásná krajina vhodná pro turistiku, cykloturistiku a další aktivity. Z významných památek můžeme zmínit Hrad Orlík či Zvíkov, skanzen v Chlumci, či několik rozhleden. V dojezdové vzdálenosti je Příbram ( hornické muzeum, památník Vojna a další ), Březnice ( zámek ), Dobříš ( zámek, památník Karla Čapka ) a mnoho dalších památek.